De kleinschalige wooninitiatieven kunnen op verschillende manieren worden gefinancierd, vanuit de gemeente (Wet Maatschappelijke Ondersteuning) of het zorgkantoor (Wet Langdurige Zorg). Voor beide geldt, dat dit kan op basis van een persoonsgebonden budget (PGB) of zorg in natura.
Het grote verschil hiertussen is dat bij een PGB jij als budgethouder aan de Sociale Verzekeringsbank (SVB) opdracht geeft om betalingen te doen aan het wooninitiatief. Bij zorg in natura wordt de betaling geregeld tussen het wooninitiatief en de gemeente of het zorgkantoor.